广东生态工程职业学院中职教育部是承担学校中职教育管理工作的教学机构。截至2024年9月，中职教育部有中职学生323人，设有海水养殖、船舶驾驶、轮机维护与管理3个专业，地点位于广州市海珠区赤沙路15号。

       学校中职办学特色鲜明，教学设施齐全，师资力量雄厚，拥有多名全国优秀教师、南粤优秀教师、南粤优秀教育工作者。学生奖助学金体系完善。毕业生可通过“3+2”中高职衔接、“3+证书”高职高考、普通高考、高职院校自主招生考试、成人高考等方式提升学历。毕业生主要面向粤港澳大湾区直接就业，就业率达到98.6%以上。